המנזר נקרה על שמו של הנזיר הארמני אבתימיוס שהיה מאבות
הנזירות הנוצרית במדבר יהודה בתקופה הביזנטית. אבתימיוס
נולד בארמניה בשנת 377 לסנ"ה והגיע לארץ ישראל בשנת 405
לסנ"ה והוא בן 29 שנים. הוא ונזירים נוספים הקימו מספר מנ-
זרים בהם מנזר שיתופי (קוינוביון) על מצוקי נחל אוג-דיר מוכ-
ליך. בשנת 428 לסנ"ה הקים כאן, במישור אדומים, מנזר מתבו-
דדים (לאורה) והתגורר במקום יחד עם תלמידיו. אבתימיוס הא-
ריך ימים, נפטר בגיל 97 שנים בשנת 473 לסנ"ה ונקבר במנזר.
תלמידיו הרבים של אבתימיוס, שהחלו את דרכם כנזירים צעירים
במנזר שהקים, בנו מנזרים רבים ומילאו תפקידים בכירים בכמו-
רה הנוצרית של ארץ ישראל בתקופה הביזנטית. המפורסמים ש-
בהם היו הנזיר מארטיריוס שהקים מנזר הקרוי על שמו, ונמצא
כיום במרכז העיר מעלה אדומים, והנזיר אליאס שהקים מנזר ביריחו. שניהם מונו מאוחר יותר יותר לתפקיד
פטריארך בירושלים.
בשבעה במאי בשנת 482 לסה"נ הפך המנזר של אבתימיוס ממנזר מתבודדים (לאורה) למנזר שיתופי (קוינביון).
בעת חנוכת המנזר הועברו עצמותיו של אבתימיוס למבנה קבורה (קריפטה) שנבנה במקום. דבר הקמת המנזר
שמלאכתו נמשכה שלוש שנים, והנס שאירע ביום חנוכתו תוארו בצורה דרמטית בחיבור "חיי אבתימיוס" שנ-
כתב על-ידי הנזיר קירילוס מסקיתופוליס (בית שאן). קירילוס עצמו שהה במנזר זה ומציין כי בחדר בכנסייה
נשמרו פיסות עץ מהצלב האמיתי אשר שובצו באבני חן וזהב.
בניגוד למנזרים אחרים במדבר יהודה שחרבו וניטשו לאחר הכיבוש הערבי באמצע המאה ה-ז' לסה"נ, המשיך
המנזר אבתימיוס להתקיים ונפגע ככל הנראה ברעידת אדמה שאירעה בשנת 660 לסה"נ. המנזר שוקם והמשיך
לשמש כמנזר נוצרי פעיל עד סמוך למסעי הצלב. ההגמון הרוסי דניאל שביקר בארץ בשנים 1106-1108 מציין
כי המנזר נחרב וניטש. במאה ה-יב' הצלבנים שיקמו את המנזר ובנו בו חלקים מחדש. החל מהמאה ה-יג' המ-
קום שימש כתחנת דרכים (ח'אן) עד לנטישתו בתקופה העות'מנית.
החפירות באתר החלו בשנת 1928 על-ידי החוקר צ,יטי ונמשכו עד לימים האלה. בחפירות נחשפו מנזר גדול
המוקף חומה.
אחת התופעות המעניינות ביותר במנזרי מדבר יהודה היא מערכת המימ, המעידה על המחשבה והעמל הרב ש-
הושקע באיסוף מי הגשמים המועטים שירדו באיזור. קיומם של מנזריםבמדבר יהודהההי קשור באגירת המימ,
ובשנים שחונות שלא ירדו בהן גשמים היו נאלצים לנטוש את המנזרים. זו הסיבה להשקעה גדולה בבניית מא-
גרי מי הגשמים במנזרים.